Johannes Ernst erhielt seine Ausbildung an der UdK-Berlin und als Stipendiat des DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) am Konservatorium von Bordeaux in der Klasse von Jean-Marie Londeix.

Seine vielfältigen musikalischen Interessen spiegeln sich in vielen verschiedenen Engagements wieder: als Solist und Kammermusiker mit zeitgenössischer Musik (zahlreiche Uraufführungen, darunter fünf Saxophonkonzerte), als Orchestermusiker (u.a. mit den Berliner Philharmonikern unter Rattle, Abbado, Barenboim u.a.) und als Altsaxophonist des in Deutschland und Österreich sehr populären Palast Orchesters.

Seinen Enthusiasmus für das klassische Saxophon vermittelt Johannes Ernst an der Universität der Künste Berlin und an der Musikhochschule "Hanns Eisler" .

Konzertreisen führten ihn durch ganz Europa,
Nordamerika und Japan.

Als Vorstand der "Arbeitsgemeinschaft Deutsche Saxophonisten" initiierte er Saxophon - und Kompositionswettbewerbe und organisierte den Kompositionswettbewerb "Sax+X", die 1. Deutsche Saxophonkonferenz, den 1. und 5. Gustav-Bumcke-Wettbewerb und das Treffen Europäischer Saxophonensembles an der UdK-Berlin.